西游记中一号神秘人物菩提祖师的身份，一直被人们津津乐道，关于他本来面目的猜想，也有各种版本，其中最主要的观点有以下几种：
第一，菩提祖师是如来。菩提是佛家的称号，而当年如来就是在菩提树下悟道成佛的。
第二，菩提祖师是观音。菩提有知前后的神通，而原著中能知前后的，除了如来谛听，还有观音。观音收了八戒和老沙，取名悟能悟净，这与菩提门下的“悟”字辈相吻合。
第三，菩提祖师是老君。孙悟空大闹天宫，老君对孙悟空格外照顾，送仙丹又送火眼金睛。
其实这些猜想都不是标准答案，菩提祖师的真实身份，早就表露在其门上的对联上：那就是：灵台方寸山，斜月三星洞。
灵台方寸山与人们常说的心中方寸之地相吻合，而斜月三星洞，斜月代表着“心”字中的弯钩，三星洞代表着“心”字的三个点。也就是说，菩提祖师不是住在洞内，而是住在心里。
那么菩提祖师是住在谁的心里呢？当然是孙悟空心里。
在与吴承恩同一时期，有一部西游记改编小说《后西游记》，根据里面描述，孙悟空当上齐天大圣后，花果山又出现了一颗女娲石，这颗女娲石化作一只石猴，叫孙小圣。
而孙小圣就是自己顿悟，然后学会七十二变和筋斗云的。
从孙小圣的故事中，我们可以猜想，孙悟空拜师学艺这一回，也只是孙悟空的顿悟过程，就像周公梦蝶，是*粱一梦。也就是说，孙悟空悟性到达一定程度，菩提祖师自然就会出现，当孙悟空炫耀本领，产生虚荣心，悟性骤降，菩提祖师自然就离开。
自始至终，菩提祖师都是孙悟空内心所化，这也就能解释为何菩提祖师在三界中无名可查。
很多网友认为这个解释，是最为合理的，网友们也因此总结：原来孙悟空学会一身本领，都是靠自己的，难道吴承恩想要告诉世人一个道理——靠人还不如靠自己。
菩提祖师为何赶孙悟空下山？其实孙悟空早就知道原因？
孙悟空被菩提祖赶下山后，如同师父所料，闯下了弥天大祸，大闹天宫就是最好的证明。有人说，孙悟空在五行山下参悟了五百年，终于总结出师父赶他下山的原因，实际上，悟空参悟此事比这早五百年。
菩提祖师在悟空变作松树之后，做出最后的决断，选择将这个徒弟赶出菩提学院，临行之前，老师劝告悟空几句话，出去之后，切莫锋芒太露，否则最后只能自食恶果。之后，菩提祖又预测了悟空之后的人生走向，猴哥自学校出去之后定生不良，日后也不得说出学校的任何消息。
但是，老师前脚刚嘱咐完，猴哥后脚就在外面闯下不少的祸端，闹地府、闯龙宫、大闹天宫，所有人都不敢想象的事情，都被猴哥实现，所以，绝大多数人都认为，悟空毕业后就将师父说的话当成耳边风。
拥有这种想法是非常能够理解的，因为取经之前和取经之后的悟空，直接来了一个一百八十度大转弯，压在五行山之前，悟空锋芒毕露，踏出五行山之后的猴哥谨言慎行，五百年的时间，足够一个人将这些都想清楚。
但是，悟空顿悟的时间比较早，当他遇到黑熊精的时候，和这只妖怪透露了一些小秘密：行我：自小神通手段......老孙拜他为师父，指我长生路一条。他说身内有丹药，外边采取枉徒劳。
得传大品天仙诀，若无根本实难熬......万事不思全寡欲，六根清净体坚牢。返老还童容易得，超凡入圣路非遥......
悟空说的非常清楚，菩提祖师早在教学的时候，就同他说明了学习的法门，想要提升自己，丹药或许能够管用一时，但是，外在的还需要个人勤学苦练，这是丹药做不到的，想要学习大品天仙决，如果没有打好基础，没有符合基本条件，是非常煎熬的，想要成功，就得摒除内心的杂念，一心一意修炼自己的内心，寻求长生不老容易，但是，想要成圣还得靠自己。
如此看来，下山之前的一段嘱咐，不过是师父为悟空又总结了一遍罢了，这些道理，悟空都已经听得耳朵起茧子了，至于悟空没有践行师父说的道理，还是因为他缺乏实践空有理论知识，正因如此，猴哥才会明知故犯，等他撞了南墙之后，想起师父所说的话，这个时候，这些话才能成为金玉良言。
所以，纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行。